今回の熊本地震の被災者の方々が、少しでも早く日常を取り戻されることを心から祈っています。

寄附で被災者を支えたいと思っている方も多いかと思います。寄附には2通りあります。
寄附金は地方公共団体に対して(被災地の復旧復興支援)、義援金は被災者に直接届けて支援するものです。

熊本県のホームページをみると、詳しく記載されています。寄附をするときに、自分はどのような支援をしたいのかを選択するということです。

地方公共団体に対する寄附金については、ふるさと納税の制度を使うことができます。お礼の品を期待するのではなく本来の寄附という形で支援をすることができます。
熊本県に変わって業務を代行しようという地方公共団体もあり、ふるさと納税を使って被災自治体を支援する動きも広まっているようです。また、ワンストップ特例を選択することによって、給与所得者等であれば確定申告をしないで、所得税の寄附金控除を受けることができます。ふるさと納税

個人でする義援金(災害対策本部や日本赤十字など)については、確定申告で所得税の寄附金控除を受けることになります。

法人が支出する義援金は、「国等に対する寄附金(国または地方公共団体に対するもの)」「指定寄附金」に該当するものは全額が損金に算入されます。今回の地震により各団体が呼び掛けている義援金について、災害対策本部や日本赤十字社に対する義援金は全額損金に算入されます。しかし、日本赤十字社への寄附金は 平成28年熊本地震義援金口座に対するものだけがその対象です。通常の寄附金は損金算入に限度額があります。また、認定NPO法人や公益社団法人等についても損金算入に限度額があります。

義援金等に対する税務上の取扱いが国税庁から発表されています。取扱いFAQ

被災者の方を少しでも支援したいという気持ちが無駄にならないように、自分がどのような支援をしたいのかも考えて、寄附の相手先を選択したいものです。