通勤手当は、原則所得税がかかりませんが、限度額があります。

公共交通機関（電車・バス）を使う場合、マイカー等を使う場合などに分けられそれぞれに限度額が設けられています。

公共交通機関を使う場合の限度額が、平成28年1月1日から15万円に引き上げられました。（改正前10万円）
つまり、公共交通機関を使う場合、ひと月15万円までの通勤手当なら、所得税はかからないということです。

しかし、これは「通勤のための運賃や時間、距離等の事情にてらして、最も経済的なかつ合理的な経路で通勤した場合の金額とされています。

最も経済的かつ合理的であることを経路とはどんなものでしょうか？
経済的とは安い運賃、合理的とは短い時間と考えられます。安くてかつ早い経路が一つであれば判断には困らないと思いますが、高いけれど早いなど経路が複数あれば判断に困るかもしれません。社内規定をきちんと作っておく必要がありそうです。

最近は、新幹線通勤を認めている企業も多くあります。自宅が遠方であるとか、例えば役員が毎日早朝に出社する必要があるとの理由であれば、それが認められます。通勤手当の非課税限度額の引き上げによって、東京～静岡の新幹線通勤が限度額内で可能になったそうです。

ただし、新幹線通勤が認められても、グリーン車の通勤は、経済的かつ合理的とは認めれられません。もし会社がグリーン料金も通勤手当に含めて支給する場合があっても、グリーン料金は所得税の対象となります。
非課税限度額が引き上げられたからといって、あくまでもそれは最も経済的なかつ合理的な経路であることが前提ですから、注意が必要です。

企業が新幹線通勤を認めるかどうかによりますが、通勤手当の非課税限度額が引き上げられたことによって、通勤圏が広がりました。首都圏の一極集中の緩和、単身赴任ではなく家族との生活を選ぶことができるなど変化がでるきっかけになるかもしれません。

マイカー等を使って通勤する場合の通勤手当の限度額は、通勤距離によって定められています。マイカー自転車通勤者の通勤手当